تم تصميم مستودعات المرفأ وفق أفضل المواصفات العالمية وهي تمتاز بوجودها بالقرب من الأرصفة مما يجعل عملية تناول البضائع تتم بأقصر وقت ممكن المساحة الطابقية لمستودعات التخزين/92483/ م2 الحجم التخزيني للمستودعات/524507/ م3 تقسم المستودعات في المرفأ إلى:
مستودع المصندقات تبلغ مساحته 15000م2 وهو مستودع ضخم ويمتاز بقربه من ساحة الحاويات كما تتوفر فيه إمكانية تخزين كميات كبيرة وأنواع مختلفة من البضائع.
مستودع التبريد: لحفظ الخضار والمواد الأخرى, وتبلغ مساحته/1500/متر مربع وطاقته التخزينية/1000/طن.
مستودع المواد المتفجّرة: أقيم في منطقة معزولة من المرفأ وتحيط به تلة ترابية ويتم تخزين المواد ذات الدرجة من الخطورة لفترة مؤقتة ريثما يتم استكمال الإجراءات الخاصة لإخراجها.
محجر زراعي مع محطة التعقيم.
