الغاية من احداث هذه المخابر اختبار وتحليل المواد العابرة للمرفأ استيراداَ وتصديراَ ومطابقتها مع المواصفات القياسية السورية أو أية مواصفات أخرى بناء على طلب الزبون بأقصر وقت ممكن ودون الحاجة لنقل عينات بضائع السفن التي ترد المرفأ إلى مخابر أخرى بعيدة ليس خارج المرفأ فحسب وإنما في اغلب الأحيان خارج حدود المحافظة ككل، مما يحد وبصورة كبيرة من تغير مواصفات العينات الناجم عن عمليات النقل وغيرها ويمنع ترتب أية غرامات تأخير على تلك السفن.
تم إنشاء المخابر المركزية في مرفأ طرطوس خلال السنوات القليلة الماضية على أن تضم في مراحلها الأولى أربعة مخابر تم تجهيزها بأحدث الأجهزة المخبرية وهي:
مخبر تحليل المواد الغذائية والعلفية
مخبر تحليل المواد الكيميائية والصيدلانية
مخبر تحليل المواد المعدنية
مخبر تحليل مواد البناء والمواد النسيجية
تشغل المخابر المذكورة مبنى بمساحة 3250 م2 مجهز بالبنى التحتية المناسبة
( كهرباء - تمديدات صحية - تكييف هواء - محطة معالجة لمياه الصرف الصحي - طاولات مخبرية - أثاث مكتبي- أدوات مكتبية تضم حواسب مربوطة على شبكة داخلية مع طابعات الكترونية)
